任何手术都存在一定风险，椎间孔镜手术同样如此，其风险主要体现在以下方面：
1、麻醉风险：椎间孔镜手术有两个入路，从背侧入路时，可做全麻，也可局部腰麻，通常选择局部麻醉，不同麻醉的风险不同，即使是最简单、最安全的局麻也存在麻药过敏的风险；
2、损伤神经：通常椎间盘摘除手术都涉及神经，摘除和暴露椎间盘的过程，以及椎管减压过程中，可能会造成神经受损；
3、感染风险；手术过程中会造成切口，微创手术也存在感染的可能，椎间孔镜手术从皮肤入路，经过肌肉组织到骨性孔道，最后到达椎管内，此过程中，每个层次均存在感染的风险，但相对开放手术，其风险较低。