新型冠状病毒感染虽然可以造成咽痛的表现，类似急性咽扁桃体炎或者急性疱疹性咽峡炎的表现，但是扁桃体上不会出现疱疹、脓性分泌物等表现。另外，如果扁桃体发炎，还要结合流行病学史来进一步地判断是否存在新型冠状病毒感染。
扁桃体发炎通常的疾病是急性咽扁桃体炎，是溶血性链球菌感染引起。临床表现可以有咽痛、发热，在体检的时候可以发现扁桃体肿大、充血，扁桃体表面有黄色的脓性分泌物。
除了急性咽扁桃体炎之外，急性疱疹性咽峡炎也可以出现扁桃体发炎的表现，主要也是咽痛、发热的表现。另外，在咽腭弓、悬雍垂、扁桃体上可以见到疱疹，并且可以看到灰白色的分泌物，以上是扁桃体发炎的时候最常见的疾病。
