有的卵巢囊肿做完以后，可能0.5-1年或者2-3年以后会复发，即再长囊肿，有时长在同一侧，有时长在对侧。每次都要问，上次手术的位置、情况，此次囊肿与上次是否为同，这些都要去问。比如畸胎瘤等最常见的卵巢囊肿，手术以后确实有可能复发。
在先天性的情况中，如果母亲给其留1颗种子，则其长1个畸胎瘤，如果有2颗种子则有可能长2个，如果留5个则有可能长5个，如果1次将几个肿瘤都切除，有可能也只做1次手术，其情况不一。
观察其是否复发时，要看比如畸胎瘤则要看上次长在哪侧。黏液性囊肿，有时剔除肿瘤没有将其完整拿走，因为患者年轻，如果切掉1个卵巢则不复发，但是卵巢功能就少一半，怀孕机会则少一半。
所以有时也会有复发，复发以后再长出包，大部分是因为做B超又发现，至于疼痛，巧克力囊肿复发可能会有疼痛、性交痛等症状，而其它囊肿通常无特别症状。
