顾名思义，无痛胃肠镜没有痛苦，是相对较舒服的检查。无痛胃肠镜，即在静脉麻醉的情况下，经过评估能够耐受麻醉，其风险较小。在注射麻药之后，可以在睡着的状态下进行胃肠镜检查。在检查结束之后，患者苏醒。

普通的胃肠镜检查可能存在不适感，比如胃镜通过咽部的时候，会有恶心的感觉。因为要往胃腔内打气，所以有时可能觉得腹胀。在做肠镜检查的时候，因为胀气或镜子在肠腔内拐弯，可能觉得有腹胀、牵扯的不舒服的感觉，或是疼痛的感觉，但是多数人都可以耐受普通胃肠镜。