小便时尿道刺痛的原因很多，原因不同，治疗方法也会有所差异，具体如下：

1、尿道炎：小便时尿道刺痛，先要去检查有没有尿道炎的可能，因为尿道炎最常见的表现是尿道刺痛，同时可能会有尿道分泌物，尿常规检查白细胞增多，分泌物培养可能会找到支原体或者细菌。所以小便时刺痛，如果诊断是尿道炎，可以使用抗生素，比如头孢类、喹诺酮类、四环素类、阿奇霉素、磷霉素进行口服，就能够比较快地控制尿道刺痛的症状，消除感染，控制炎症，此时尿痛的症状就会相应缓解；

2、其他原因：还有一些人的尿道刺痛可能检查没有异常，尿常规正常，可以诊断为男性的慢性前列腺炎、前列腺增生，女性的尿道综合征，或者是膀胱病变。治疗是根据疾病来选择治疗方案，比如感染使用抗生素，前列腺疾病可以给予α受体阻滞剂、非甾体消炎镇痛药。同时注意多喝水、多排尿，通过尿液来冲刷尿道，可能对于尿痛的缓解有帮助。