由于肛周皮肤神经比较丰富，神经末梢对于疼痛特别敏感。肛瘘手术后疼痛缓解时间取决于患者具体病情，患者挂线脱落后疼痛减轻是在7-14天左右，在此期间患者由于疼痛刺激耐受程度也增加，如果没有再过度刺激，病人疼痛基本可缓解。

如果为复杂性肛瘘，由于肛周组织破坏比较多，疼痛时间比较长。如果是单纯低位肛瘘，由于组织破坏少，术后持续时间相对比较短。疼痛缓解时间还取决于患者对于疼痛耐受程度，部分患者对疼痛耐受差，所以此类病人疼痛时间相对比正常人疼痛时间长。如果没有影响组织愈合的因素，肛瘘创面很快愈合，疼痛可在短时间内得到缓解。