通常已经感染HPV时可以注射宫颈癌疫苗，但其效果会下降。HPV疫苗也称宫颈癌疫苗，可以防宫颈癌，而高危型HPV感染为宫颈癌发生必要条件，即高危型HPV持续感染后，可以导致细胞增生逐渐变成癌前病变再变成宫颈癌。HPV疫苗可以通过预防高危型HPV感染从而预防宫颈癌。

如果已经感染HPV某个类型时，再去注射宫颈癌疫苗对于某个型别无效，但没有感染HPV型别时，注射HPV疫苗有效。比如感染HPV18型时，注射疫苗可能对HPV18型病毒无效，如果HPV18转阴也无效，但没有感染其他病毒比如HPV16，此时注射宫颈癌疫苗仍然有效，即宫颈癌疫苗为预防型疫苗，而非治疗型疫苗。

​如果已经感染HPV时同样能够注射宫颈癌疫苗，但其效果相对没有感染前会差一些。通常注射疫苗最佳人群为十几岁，因此时并无性生活感染HPV机会较小，同时对疫苗反应佳，即存在注射疫苗的最佳人群。

通常在任何年龄段注射疫苗均存在一定效果，在年龄较小、没有感染HPV病毒前注射，效果较佳，如果已经感染仍然有效，但效果会出现下降。