做咽拭子前应手部消毒，选取合适的咽拭子管，同时应对咽拭子管管口进行高温消毒，防止其它细菌污染。打开咽拭子管后，可将咽拭子放入患者口腔中擦拭，选取特定部位分泌物，进行咽拭子药敏培养，可保证咽拭子不被周围空气或环境中细菌、病毒感染。

一般存在急性化脓性扁桃体炎、急性咽炎或特殊感染时，通常采取咽拭子药敏培养判断细菌类型。同时可确定敏感抗生素，使治疗更具针对性、目的性，也可缩短病程，使病人尽快恢复。