移植囊胚的成功率较高，一般高于分裂期胚胎移植。在运行较稳定的生殖医学中心，囊胚的着床概率约为50%，而优质分裂期胚胎的着床概率约为30%。而具体治疗中，囊胚移植或分裂期胚胎移植的选择因人而异，因为每个患者的具体情况不同。目前主流的发展趋势鼓励单囊胚移植，既可保证成功率，又可降低双胎或多胎妊娠的风险。
部分患者胚胎发育到囊胚的概率较小，且体外培养环境无法与子宫环境相比拟，如体外培养时未及时对分裂期胚胎进行移植，而是继续进行囊胚培养，则可能在2-3天内，胚胎分裂出现停滞，没有产生可移植的囊胚。这时医生会建议患者做新鲜周期的第三天分裂期胚胎移植，使胚胎尽早进入体内，以增加可供移植的胚胎数目，同时增加妊娠机会。
