不论乙肝大三阳还是小三阳，治疗的手段最终是根治乙肝病毒。在目前的治疗手段中，乙肝治疗的方式是抑制乙肝病毒，不论大三阳、小三阳，如果患者处于慢性炎症状态，需要进行相应的抗病毒治疗方案，如抗乙肝病毒的核苷类药物，还有干扰素类，是目前乙肝病毒方面公认的一线治疗方案。所以不管是大三阳还是小三阳，如果出现了对人体肝脏的破坏，如肝脏出现慢性炎症，这种状态需要积极采取抗病毒的治疗措施。
对另一类无症状的乙肝携带者，临床中叫乙肝免疫耐受，目前没有很好的治疗的方案，主要是监测、动态地观察，如果是高危因素的患者，不论乙肝是大三阳、小三阳，如果有肝癌的家族史、年龄因素，以及其他的基本情况，进行细致、准确的判断后要采取积极的治疗措施。
所以无论乙肝大三阳还是小三阳，目标是根据乙肝病毒在现有的阶段中的根据疾病的状态进行分类，采取相应的抗乙肝病毒治疗方案。
