房间隔缺损手术分为两种，一种是经皮穿血管的介入手术，另一种是开胸手术。经皮介入的手术创伤较小、没有伤口、恢复较快，一般适用于简单的房间隔缺损，同时缺损面积不大，对周围的组织没有明显遮挡的房间隔缺损。患儿的年龄差不多在1岁半以上，房间隔缺损＞5mm，就可以考虑做先心介入手术。但是也取决于术前心脏彩超所测量的房间隔数据，同时还有患儿的年龄。
开胸手术的手术治疗包括正开胸、侧开胸，都可以治疗房间隔缺损。通过暴露心脏，在心外循环的辅助下，让心脏停跳，然后切开右心房，暴露出房间隔缺损，用补片将房间隔进行缝补，达到修补和矫正的目的。而先心介入手术是将和房间隔差不多的封堵器放在缺损的部位，缺损器和间隔逐渐融为一体，从而达到房间隔缺损封堵的目的。
