肾囊肿穿刺手术在过去是非常常用的治疗肾囊肿的一种微创手术方法，但缺点是容易在术后2-3年再次复发。
肾囊肿穿刺手术的原理是在肾囊肿体表的投影处，通常在腰背部，用偏长的细针。经过体表皮肤穿刺而进入肾囊肿内，将囊液吸出，一般可能抽出100-200ml的囊液。
抽取出来之后，再往里面注射无水酒精，杀死在肾囊肿内壁有分泌功能的上皮。但问题是肾囊肿表面的穿刺针眼较小，可能很快封闭。而往里面注射的无水酒精能否100%让肾囊肿内壁停止分泌，是临床上无法确保的事情。
所以在近10年，大部分泌尿外科医生都会采用腹腔镜或者机器人的办法。将突出肾脏表面的囊肿壁完整切除，让肾囊肿完全暴露在肾外周的环境中。
一方面，其可以将已经增大的囊肿消除掉。另一方面，即使后期肾囊肿的残存内壁仍然有分泌功能，但是囊液也能够很快被肾周的脂肪层所吸收，不至于导致囊肿复发。
