引起慢性胃窦炎的主要细菌是幽门螺杆菌，不光是慢性胃窦炎，幽门螺杆菌是造成慢性胃炎的非常重要的感染性因素。
胃内寄生的这种幽门螺杆菌，胃黏膜就会存在慢性的持续性的炎症。严重的时候，还可造成胃黏膜的萎缩出现肠上皮化生等病理学的改变。
如果感染了幽门螺杆菌以后，医生会根据胃黏膜的影像学的变化，以及患者有无胃癌家族史，或者是长期口服非甾体类抗炎药物、质子泵抑制剂类药物等危险因素，来酌情建议患者是否进行幽门螺杆菌的根除。
如果患者进行了胃镜检查，仅仅是提示比较轻度的非萎缩性的胃炎，同时也没有上述危险因素。医生会和患者进行沟通，将根除幽门螺杆菌的利弊。
特别是根除所需用的药物可能产生的不良反应，以及根除率并不是能达到100%，根除后再感染的风险，和患者进行仔细的沟通后，再共同决定是否进行治疗。
