滴虫性阴道炎通常会选择硝基咪唑类药物来进行治疗，比较常用的药物是甲硝唑和替硝唑，通常进行滴虫性阴道炎治疗的时候会选择全身用药。而且由于滴虫性阴道炎主要是通过性生活所传播，因此，患有滴虫性阴道炎的时候会要求夫妻同治。
由于滴虫性阴道炎比较容易复发，滴虫比较容易隐藏在阴道的皱褶以及男性的包皮等部位，因此，在进行治疗之后连续三个月，都要求每次月经干净之后，需要到医院复查白带常规是否有阴道毛滴虫。
如果在复查的时候发现没有彻底治愈，则需要再次给予一个疗程的疗效药物治疗。为了保证滴虫性阴道炎能够彻底根治，务必要在进行治疗之后按期复查，连续三个月的月经周期之后检查都没有发现有滴虫存在时，才能说明滴虫性阴道炎已经被彻底治愈。
