肩胛骨疼痛病因较多，常见原因如下：

1、外伤：常见的外伤可以造成骨折、脱位，有比较强烈的暴力造成的损伤，如车祸伤、高处坠落伤，或者暴力击打局部造成骨折。尤其粉碎性骨折比较严重，可能出现肩关节脱位，疼痛较为剧烈；

2、炎症：肩胛周围肌肉和筋膜造成慢性劳损，因为肩关节是人体活动的重要关节，在日常生活中上肢活动离不开肩胛骨的支撑，如果活动不当或活动过重，容易造成肩胛骨周围肌肉、筋膜劳损，出现疼痛，严重时出现活动受限；

3、肿瘤病变：由于肩胛骨血运比较丰富，容易发生肿瘤，如恶性肿瘤，包括尤文肉瘤、软骨瘤等，肿瘤破坏骨质或者压迫周围组织，也会引起比较明显的疼痛；

4、免疫系统疾病：如风湿疾病、类风湿疾病等，可以引起肌肉关节损害；

5、内脏系统疾病：如心脏病有时向胸背部放射，肩胛区会出现疼痛，如胸膜炎、肺部病变、肝胆系统病变，会出现肩胛区放射性疼痛，有时被误认为是肩胛骨疼痛。