喝水呛咳通常是由会厌软骨功能异常引起，会厌软骨功能异常可以是会厌软骨本身出现病变，也可以是支配会厌软骨的神经出现病变，或者神经中枢出现病变而引起。正常人吞咽时，会厌软骨会将喉口盖住，避免食物进入气管。不吞咽时会厌软骨打开，可以使空气顺畅进入气管，从而完成呼吸运动。
如果会厌软骨存在功能异常，导致吞咽时会厌软骨不能有效将喉口盖住，导致出现呛咳的现象，即吞咽时，水或食物会进入气管导致呛咳。该现象可以是会厌软骨本身的疾病，也可以是中枢神经系统的疾病所造成。老年人通常是由中枢神经系统疾病造成，由于中枢系统疾病，导致会厌软骨所接受的神经冲动不良，引起吞咽时呛咳。一旦出现此种情况，需到两个科室进行检查，即耳鼻喉科和神经内科。耳鼻喉科医生可判断会厌软骨本身有无异常，神经内科医生可判断神经中枢有无异常。
