卵巢巧克力囊肿有时会发生破裂，在患者月经来潮时，巧克力囊肿里面异位的子宫内膜也会出血，出血后巧克力囊肿的压力增加，增加后表面可能出现破口，根据破口大小不同，症状也有所不同，具体症状分析如下：
1、破口较小：如果患者巧克力囊肿破裂的破口较小，巧克力囊肿也不大时，巧克力囊肿内流出的东西，较快被周围组织粘连、包裹。此时患者可能有一过性腹痛，通常可能与痛经混淆，腹痛往往能较快缓解；
2、破口较大：如果患者的巧克力囊肿体积较大，可能发生破裂，破口一般比较大，巧克力囊肿内呈巧克力样液体，通常会流入盆腹腔里，此类液体会刺激腹膜，引起剧烈的疼痛，通常被称为急腹症。通常患者无法耐受此类疼痛，也有部分患者同时伴有恶心、呕吐或肛门坠胀的感觉。所以出现此类情况时，患者需要立刻到急诊科挂急诊号，尽快进行诊治，通常需要急诊手术。
