肛门闭锁手术后可能会出现大便失禁、尿失禁等后遗症，有一部分是手术造成的，另一部分与本身先天发育有关，通常可以治好。
肛门闭锁是先天性的疾病，发育本身不好，会出现大便失禁或尿失禁等。如果出现大便失禁，90%以上患儿都能达到与正常人一样的生活质量。
如果肛门闭锁类型较好，手术效果较好，也只是长期的便秘，便秘解决后就能达到自我空便，这是假性失禁。如果肛门闭锁的位置较高，预后不好，或者手术操作不好，或者合并神经问题，这属于真性失禁。
真性失禁目前的治疗最常见的是马龙手术，能让90%患儿不拉在裤子上，能够自我护理。另外，部分患儿会合并尿道、膀胱的功能差而导致尿失禁，需要泌尿外科医生介入，通过间接导尿来缓解。
