真菌感染为微生物感染，需寻找真菌感染的原因及真菌类型，采取相应治疗措施，可达到临床治愈。
真菌感染相对较好治，临床存在多种抗真菌药物。明确真菌感染后，可给予常用的抗真菌药治疗。但若常见抗真菌药效果不佳，可能为出现真菌耐药性，可进行药物敏感实验，选用敏感的抗真菌药物治疗。
除进行抗真菌治疗外，应寻找真菌感染的原因。真菌感染又称机会性感染或条件性感染，即念珠菌或真菌之所以能够感染，证明患者身体条件适合其生长，如存在贫血、戴假牙、口干、血糖高，均为真菌感染的条件。若存在类似引起真菌感染的诱因，除进行抗真菌治疗外，还需纠正真菌感染的诱因，才可完全治好真菌感染。
