男性小腹疼痛，需要根据其不同的情况做相应处理，具体如下：

1、纠正肠功能紊乱：肠功能紊乱一般是由自主神经功能紊乱所引起，小肠失节律性的收缩或者是不收缩引起疼痛。这时候可以吃些纠正肠功能的药物，比如有得舒特(匹维溴铵片)、援生力维(马来酸曲美布汀片)等，可以集中缓解腹痛；

2、纠正肠道菌群失调：另外可以纠正一下肠道的菌群失调，补充一些益生菌，比如有乳酸杆菌、思连康(双歧杆菌四联活菌片)、常立宁(酪酸梭菌活菌片)等等益生菌。很多药房表明需要益生菌，都可以找出，有二联、三联的都可以。还可以喝酸奶，每天坚持喝一杯酸奶都有好处。

如果经过这些调理，纠正胃肠道功能紊乱，纠正菌群失调，补充益生菌，一般有1个月如果还不缓解，就要考虑有没有其他疾病。这时就需要去结直肠外科检查，有没有其他的比如肠道上，结肠、直肠有没有病变。

常见的有溃疡性结肠炎、直肠肿瘤、结肠肿瘤，明确有没有这些疾病，通常还需要做结肠镜检查。以及盆腔有没有其他的器官，比如膀胱、前列腺有没有疾病，这种需要做盆腔彩超、泌尿系彩超或者是做盆腔磁共振、腹部CT检查，明确有没有器质性病变。