药物流产的最佳时间一般在停经49天内，胎囊直径<2cm的早期妊娠。药物流产有一定禁忌证，其成功率一般在80%-90%，所以10-20%进行药物流产的女性可能失败，需进行清宫手术。一般药物流产选择的药物是米非司酮和米索前列醇。
患者有肝肾方面疾病，尤其肝肾功能损伤时不能使用米非司酮。青光眼和哮喘以及前列腺素禁忌证时，不能使用米索前列醇终止妊娠，患者有以上禁忌证，或以上两种药物过敏史时，都不能进行药物流产。当胚胎过大，妊娠时间超过49天，且胎囊直径>2cm的妊娠，选用药物流产失败率会提高，因为胚胎和蜕膜组织不能够完整排出，导致药流失败。
