慢性乙型肝炎的抗病毒药物包括口服的核苷类抗病毒药，以及通过皮下注射的干扰素。核苷类的抗病毒药物包括恩替卡韦、富马酸替诺福韦二吡呋酯、丙酚替诺福韦。这三种药物的选择要根据患者肾功能、年龄等具体情况，在专科医生指导下应用。另外干扰素既有抗乙肝病毒作用，也有抗纤维化和预防肝癌的作用，尤其是对于有肝硬化、肝癌家族史的年轻患者，可考虑选择，但是应除外肝硬化或者失代偿期肝硬化的情况。有早期肝硬化的患者，也可以考虑干扰素治疗，需在专科医生指导下选择药物，必须要定期随访。

慢性乙型病毒性肝炎的治疗，要根据患者乙肝病毒的复制情况，以及是否对肝脏造成明显损伤，判断是否需要治疗。需化验乙肝五项、HBV-DNA、肝功能、血常规、甲胎蛋白以及肾功能，做肝、胆、脾彩超。通过这些检查来判断乙肝病毒复制是否活跃，对肝脏是否造成明显损伤，包括炎症损伤和纤维组织增生。

如果这些检查还不足以做出判断，可进一步做肝弹性检查，即肝脏瞬时弹性成像，甚至可以行肝组织活检，帮助做出判断。如果乙肝病毒复制活跃，对肝脏造成的损伤较明显，肝脏炎症损伤达到了二级或者二级以上，纤维组织增生达到二期甚至以上，或者有肝硬化和肝癌家族史，甚至包括乙肝病毒的肝外损伤。此时要启动乙肝的抗病毒治疗，从而涉及到首选药物。