炎症不是引起鳞状细胞癌抗原升高的主要原因，但是部分情况下，比较严重的感染、炎症可能确实也会引起指标升高。如果临床上发现鳞状上皮细胞癌抗原升高，从肿瘤的角度考虑，可能与体内鳞状细胞的发生具有一定的相关性，但是鳞状细胞癌的发生没有明显的器官特异性，还是需要根据病人的临床表现，比如某个部位具有肿瘤倾向，要结合情况针对性地进行影像学检查，以及进行相关客观指标的佐证，来进一步判断体内是否有鳞状细胞癌发生。
如果经过影像学或者客观指标，并没有发现实质的肿瘤存在，而这种情况下机体又合并有比较严重的感染、炎症，也会引起体内多个肿瘤标志物出现升高，也包括鳞状细胞癌的抗原。如果针对性地进行抗炎、抗感染治疗后，可能鳞状细胞癌的抗原也会有所回落或者恢复正常，除此以外部分自身免疫性疾病处于活动期状态时，可能也会出现这种情况，所以临床上判断具体的原因，还是要结合实际情况和客观指标，进一步分析和判断。
