性功能障碍是一种神经血管功能的异常，主要是与心理因素具有关系。因此性功能障碍的检查主要包括两个方面，首先是阴茎本身的检查，其次是阴茎以外的因素，就是对于阴茎功能具有影响因素的排除性检查。具体来讲，阴茎本身因为勃起、射精是神经血管的问题，因此要检查神经、血管的功能情况，如是否有敏感性增高的问题或者是阴茎海绵体动脉供血以及静脉的问题，如静脉瘘，需通过检查排除，可以进行多普勒，阴茎勃起功能监测以及阴茎海绵体的造影排除。
对于阴茎以外产生功能影响的性激素，因为性激素包括雄激素、雌激素等六种激素，任何一种激素出现问题，都会影响患者的性功能和阴茎的勃起功能，因此需要查性激素。另外，也要见查血糖、血脂，因为血糖、血脂出现问题，也会影响阴茎海绵体的血管功能，同时会引起勃起功能障碍，甚至引起不射精。总体来讲，性功能障碍检查包括抽血化验，内容就是性激素六项、生化检查。同时要进行阴茎夜间勃起功能监测，排除勃起功能障碍是否存在心理因素导致，并且还要进行阴茎海绵体血管检查。