巧克力囊肿没有办法自愈，除非在罹患巧克力囊肿时已经接近围绝经期，接下来在巧克力囊肿还没有长得特别大，没有发生自发性破溃，同时也没有恶变的情况下发生自然性绝经。伴随着卵巢分泌激素水平下降，卵巢的巧克力囊肿也将会逐渐地萎缩。

实际上，巧克力囊肿更多发于生育年龄的女性，这是由于宫腔内在位的子宫内膜异位到卵巢，这时就会在卵巢周期性激素水平的刺激之下，发生剥脱性地出血。可是卵巢里的子宫内膜发生剥脱性出血，没有孔隙可以流出。

因此，只能够积存在卵巢内部，随着时间的延长积血越来越多，就会形成越来越大的巧克力囊肿。依靠自身没有办法让巧克力囊肿自愈。临床上确实有时发现巧克力囊肿的病人，可能间隔一段时间去做超声检查发现囊肿变小，过一段时间再去复查又会发现巧克力囊肿变大，这并不是巧克力囊肿发生自我愈合或者自我吸收。

在生育年龄里，巧克力囊肿有可能会伴随逐渐增长而发生破溃，部分巧克力液即陈旧积血流出，在超声影像学上就能看到巧克力囊肿变小。随着时间地延长，异位子宫内膜并没有完全坏死，依然还会随着每个月经周期周期性出血，接下来几个月可能巧克力囊肿又会不断长大。巧克力囊肿不断破溃、出血、愈合，再一次长大、破溃、出血，反反复复就会导致卵巢与周围的输卵管、子宫后壁、直肠还有周围的大网膜等造成越来越严重的粘连。

建议巧克力囊肿的病人应当尽早给予手术治疗，生育年龄的女性不仅仅要进行巧克力囊肿剥除，更重要的是要保护生育能力。同时在术后一定要加强管理，防止巧克力囊肿或者卵巢的子宫内膜异位症在短时间之内复发。