患者准备做肛瘘手术时，通常建议准备2周以上休息时间，可能术后3-4天不触碰伤口也疼，数天后可能触碰有疼痛，不触碰则不疼，一般愈合后疼痛感消失。较多肛瘘手术，如高位肛瘘或复杂肛瘘需要挂线，包括较松挂线或较紧挂线，对于较紧挂线，当解线时也会较疼。

肛瘘分为单纯肛瘘、复杂肛瘘以及低位肛瘘、高位肛瘘，根据不同肛瘘则疼痛时间有所不同，如低位单纯肛瘘，可能术后2周左右愈合。高位复杂肛瘘可能需做多次手术，通常需要3-4周，甚至2个月以上愈合。通常术后3-5天较疼，后期新发肉芽组织生长，则疼痛感逐渐好转。