孩子发育不良的原因非常复杂，因为发育不良本身是一个很大的概念，包含营养发育不良、语言发育不良、智力发育不良和运动发育不良等诸多因素。部分孩子的营养发育不良，可能与喂养不当有关，也与消化道疾病有关。营养不足时，孩子可存在营养发育不良的情况。但部分孩子有消化道的疾病，摄入量不足与排泄有关或者无法摄入，也可造成发育不良。
部分孩子的语言发育不良，可能是智力问题影响语言发育，另外还与听力或者发音器官或者训练延迟有关。但智力发育不良多数与脑功能发育有关，孩子在出生时出现缺氧缺血性脑病，可造成脑功能损伤，导致智力损伤。另外，部分孩子的发育不良与先天性疾病有关，如染色体异常、21-三体综合征等，为常见的引起智力发育不良的原因。所以孩子出现发育不良，需及时进行相关对症检查，明确具体原因。
