巧克力囊肿术后，一般医生会建议应用GnRH-a来预防短时间之内的反复发作。巧克力囊肿实际上是卵巢子宫内膜异位囊肿，属于子宫内膜疾病，是通过一种特殊的途径转移到卵巢上，在卵巢周期性排卵、周期性的雌、孕激素水平的刺激下，异位到卵巢内部的子宫内膜，依然也会发生出血。伴随着出血量越来越多，就会积存成一个越来越大的囊肿，随着时间的延长，大部分的水分被重新吸收，血液变得越来越黏稠。而且由于时间延长，铁元素的析出，颜色也会变得越来越深，像巧克力液，所以都会习惯的将卵巢子宫内膜异位囊肿称为巧克力囊肿。

巧克力囊肿属于卵巢子宫内膜异位症，因此在进行剥除之后，医生担心是否有残余的少许异位子宫内膜留存在卵巢内。如果发生了少许子宫内膜细胞残留，在未来卵巢持续性分泌雌、孕激素水平的作用下，依然会再次发生卵巢子宫内膜异位囊肿。所以为了在短时间之内抑制再次发作，就会应用GnRH-a这种促性腺激素释放激素激动剂，能够抑制卵巢的排卵功能，让体内的雌、孕激素水平处于绝经后的状态。在低雌、孕激素水平状态下，能够让异位到卵巢上的子宫内膜发生坏死、萎缩，继而能够减少很大程度上的复发，所以应用药物能够起到一定的避免复发的功效。

应用让卵巢抑制排卵、让卵巢内分泌功能处于抑制状态下药物，女性有可能就会出现绝经期、围绝经期的症状，比如潮热、出汗、心悸、情绪低落、抑郁或者容易暴怒等等躯体上、心理上的变化。比较严重的时候，甚至还可以应用药物，比如低剂量的雌激素来进行反向添加。此外，关于巧克力囊肿术后是否需要打针，需要因人而异。