咳嗽有痰的有效治疗，要明确引起咳嗽有痰的病因。如果咳嗽有痰是急性的呼吸道感染引起，例如急性气管支气管炎、肺炎、肺脓肿的疾病，要针对病原微生物进行治疗。如果是细菌感染，可以应用抗生素进行治疗。对于真菌感染，可以应用抗真菌的药物进行治疗。
所以急性出现的咳嗽有痰，大多跟呼吸道感染相关。如果咳嗽有痰持续很长时间，就要考虑慢性疾病，例如慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病、肺部肿瘤、肺部真菌病。还有的人是得了肺结核，也会长期咳嗽、有痰。
对于长期咳嗽有痰的治疗，首先要针对引起症状的病因进行治疗，之后采取的是对症治疗，也就是祛痰止咳的治疗。
