新生儿甲低治愈与预后取决于是否早期诊断、坚持治疗以及病因有关先天性甲低伴有甲状腺功能异常的儿童需要甲状腺素终身治疗，儿童正规治疗2-3年后停药1个月，复查甲状腺功能和甲状腺B超，如果甲状腺功能正常可继续停药，并且定期随访观察1年以上。如果TSH升高或FT4下降，就需甲状腺素终身治疗。具体如下：
1、儿童在新生儿期就做出早期诊断，并且坚持治疗，身高和智力发育都会和同龄儿童相同；
2、儿童在6个月内才被诊断，则身高和同龄儿童相似，但智力落后；
3、如果儿童在7个月到1岁间才被诊断，智力和身高都会落后于同龄儿童；
4、儿童是先天性甲状腺缺如，且母亲在怀孕时也存在甲状腺功能低下，即使出生后马上开始治疗，智力也很难达到正常水平。
