因为疱疹性角膜炎是疱疹病毒感染，所以最主要的治疗是抗病毒治疗。临床多用抗病毒药物，如阿昔洛韦、更昔洛韦、病毒唑等。基质性、内皮性是由于对疱疹病毒的免疫反应参与，所以要采用糖皮质激素治疗。

应用干扰素治疗，可联合应用干扰素，起到缩短病程的作用。还可联合应用免疫抑制剂，如环孢霉素A等。因为除病毒感染因素，还有免疫因素参与，所以可使用免疫抑制剂。其它治疗即辅助治疗，可用润滑眼表的药物或人工泪液等。此外，如为病毒感染，需增强机体免疫力。