磁共振增强扫描所用造影剂被公认为是毒性低，副作用小，使用安全的造影剂。但极少数患者由于特异体质或各种事先不能预知的原因也有发生过敏，或对原有肾功能不全患者加重肾脏损害等副作用。
根据文献报道，MRI增强剂的副作用发生率为1.5%-2.5%，多数表现为头晕，一过性头疼、恶心、呕吐、皮疹。严重不良反应的发生率极低，约为百万分之一到百万分之二，比日常生活中发生车祸的几率要低很多。可表现为呼吸困难、血压降低、支气管哮喘、肺水肿。另外，MRI增强扫描由于注射器具有较高的压力，当患者血管较细和脆弱时，可出现造影剂向外渗入血管周围组织间隙，引起疼痛等不适。