扁桃体发炎的位置，在发炎的早期多位于扁桃体隐窝的开口，随着患者病程的延长，炎症加重，可以累及整个扁桃体实质，从而出现扁桃体的急性炎症。扁桃体属于淋巴上皮组织，是人体重要的免疫器官，分内侧及外侧两个面，外侧由扁桃体的被膜包绕，内侧游离于口咽部。
在内侧面扁桃体的黏膜上皮，向扁桃体的实质内陷形成6-20个盲管，扁桃体的表面形成6-20个，所谓的扁桃体隐窝，因此，扁桃体的表面看上去会凹凸不平。在人体机体免疫力下降的情况下，扁桃体隐窝会有上皮的脱落，食物残渣存留以及细菌或病毒等其它病原体存在。
人体机体免疫力下降，会导致隐窝开口的感染，随着炎症的加重，感染会侵及整个扁桃体实质，从而出现急性扁桃体的炎症，严重的患者会出现化脓性扁桃体炎症。
