嗜酸乳杆菌是肠道的益生菌，嗜酸乳杆菌在医学上，是使用嗜酸乳杆菌的口服制剂，这类药物进入胃肠道之后，能在胃肠道中分解葡萄糖，从而产生乳酸。因此有利于调节胃肠道菌群，并且能促进其它有益菌的生长，同时能抑制致病菌的繁殖及生长。嗜酸乳杆菌还可以释放部分抗毒素类的物质，这类物质对致病菌具有一定的拮抗作用，因此嗜酸乳杆菌，具有调节胃肠道菌群的作用。
临床上使用嗜酸乳杆菌的口服制剂，主要用于改善胃肠道的菌群失调，可以用于消化不良及腹泻的患者。嗜酸乳杆菌所制成的制剂药品，因其属于活菌制剂，因此在存放时应该避免高温。嗜酸乳杆菌不能与抗生素同时使用，如果确实需要使用嗜酸乳杆菌和抗生素，一定要间隔开。
