活跃的精子只有在显微镜下才能看得到，通常是相对无色透明的。我们看到的只是精液颜色，大部分把它描述成灰白色，如果近期1个星期之内同房3-4次，精液会变得更稀、更白，这是相对正常的现象。如果长达3-4周一直在禁欲，没有排精，精液的颜色可能会带一点黄色，这也是正常的。
如果精液变成了其他颜色，或者伴有臭味，很可能是细菌感染所致，最常见的疾病是前列腺炎和精囊炎，因为前列腺液占有整个精液的80%-90%以上，如果前列腺发炎，排出来精液的颜色、性状都会有改变。
在优生优育，还有男科学的检查方面，精液的颜色只是作为参考，或者线索，更依赖于精液常规检查，这样能明确知道精子的数量有多少、有活力的精子占比有多少、精子的畸形度怎么样，以及精液的pH值有无液化等情况，这样更方便于临床的诊断及治疗。
