低位直肠癌保肛手术的后遗症是反射弧缺失，并且是较容易出现的问题。因为当直肠相应的节段切除后，神经反应弧会受到损伤，不能正确地反映真实的排便情况，患者会表现出无法有效控便，术后可能会出现直肠前切除综合征。患者术后出现每天排便次数为4-5次甚至更多，并且每次排便量不多。随着时间的延长，反射弧缺失会有一定改善。
除此以外，在术后护理方面，患者还要注意避免进食过多辛辣刺激性的食物，以免在反射功能下降的情况下加重排便异常。直肠是控便的器官，在生理条件下，当粪便进入到直肠后，会向大脑发出信号，提示机体排便。直肠癌的特点是直肠肿瘤距离肛缘特别近，而很多患者经过医生不懈的努力，可成功进行保肛手术。
