通常只要严格把握输卵管通水的指征，同时通水的压力不是特别大，便不会对输卵管造成太大伤害。输卵管通水的指征，一方面是自身没有急慢性的盆腔，或阴道炎症，即妇检时整个盆腔没有压痛。另一方面是月经干净后的7天之内需要避免同房，由于此时内膜比较薄，避免同房，可以降低将过长的内膜组织带到盆腔的风险。
通水时如果医生的操作比较轻柔，通常不会对输卵管造成太大伤害，而且由于此操作本身碰不到输卵管，通常是用带球囊的管放到宫腔里，由于宫腔与输卵管处有接口处，即输卵管开口，水可以从宫腔往输卵管里逆流。如果输卵管通畅，通液便会较通畅，但如果在注水过程中感觉到压力较大，可能说明输卵管存在梗阻，如果是比较大的压力，便不需要继续再进行操作，提示输卵管可能有不通的情况。因此，输卵管通水并不是直接针对，或作用于输卵管的操作，通常只要是严格把握住操作适应证，以及避免频繁地进行操作，便不会造成太大伤害。
