孕酮低会引起胎儿停止发育，或者引起流产、先兆流产等早期妊娠的异常症状，但是不一定孕酮低会引起胎儿畸形。孕酮是在孕期保证妊娠顺利进行下去的重要激素，孕酮缺乏会使子宫变得敏感、子宫会形成宫缩，进一步的排出早期的妊娠引发流产、先兆流产。

由于妊娠时需要一定量的孕酮，保证胎儿正常的生长发育。孕酮低可能会使胎儿在发育过程中，由于孕酮缺乏引起胎儿停止发育，所以孕酮低有影响胎儿长大的可能性，可能会引起胎儿生长发育到一定阶段就停止，或者流产。但不导致胎儿发生畸形，发生结构上或者脏器系统发育畸形，因为孕酮没有这个作用。

总的来讲，对于习惯性流产、反复异常妊娠、不良妊娠史女性，在早孕期间要注意孕酮的监测，通过对孕酮指标的监测达到正常的水平，使妊娠顺利的进行下去。