头疼艾灸的部位要进行辨证论治，不能一概而论，一般有以下几种选择：
1、巅顶疼：巅顶疼即厥阴头痛，这时可灸百会穴和风府穴。百会穴位于巅顶处，是人体最上端阳气集中生发的地方，可以灸百会穴治疗厥阴头痛。风府穴是督脉上的穴位，很多头痛是风从风府进到脑内引起的；
2、其他：而感冒引起的全头痛，一般灸风池穴为多。头痛通常由头风、外感风邪引起，可以灸风池。前额头痛可以灸阳白穴和印堂穴，这是局部取穴。侧头疼即太阳穴疼以及颞部的头疼，这时艾灸可能效果不太理想，因为少阳头疼大部分是由于热证引起，一般不应用灸法，可能会用点刺放血疗法进行治疗。
