灼口综合征一般没有特别有效的特效药，可以给予相应的提高免疫力的药物，增强免疫力的制剂如胸腺肽，以及相关的口服药物，或注射针剂。再有可以给予相应的漱口液，如康复新液、西吡氯铵漱口液等，治疗口腔感染以及改善口腔环境，并且杀灭细菌的漱口外用药物。
对于有些灼口综合征伴有溃疡的，可以使用贝复新凝胶，以及碘甘油等药物进行涂抹，从而将糜烂部位或溃疡部位进行有效的治疗。
灼口综合征多半可能是由于患者免疫系统以及内分泌系统紊乱所引起，可能是由于全身系统性疾病在口腔的表现，对于此类综合征很难找到相关病因，因此很难找到特别有效的药物。只要找到导致灼口综合征的病因，然后给予相应针对性的药物，就是特效药，就可以尽早、尽快将灼口综合征进行有效改善。
