因为乳腺鳞状细胞癌发病率比较低，所以没有国际上的指南建议及共识。通常采用局部治疗及全身治疗并重的治疗方式，医生会根据肿瘤的分期和患者的身体状况，酌情采用手术、放疗、化疗、内分泌治疗、生物靶向治疗以及中医药辅助治疗方法等多种手段。

外科手术是根治的主要方法。放疗是利用放射线破坏癌细胞的生长、繁殖，达到控制和消灭癌细胞的作用。相比较其他部位鳞癌放疗敏感的特点，乳腺癌对放疗不敏感。对于鳞癌患者，如果做保乳手术应该慎重，手术、放疗均属于局部治疗，化疗是一种应用抗癌药物控制癌细胞分裂，破坏癌细胞的治疗方法，简称化疗。乳腺癌对化疗不敏感，多推荐含铂化疗方案。

内分泌治疗是采用药物或去势内分泌药物的方法调节机体的内分泌功能，减少内分泌激素的分泌，从而达到治疗乳腺癌的目的。依据受体情况的不同，代表药物有氟维司群、来曲唑、阿那曲唑、依西美坦、他莫昔芬等。分子靶向治疗是近年来最为活跃的研究领域之一，与化疗药物相比有许多缓解作用机制的新型抗肿瘤治疗药物，HER-2阳性的乳腺癌患者应用赫赛汀和帕妥珠单抗1年，可以减少疾病的复发率。