临床上部分桥本氏病患者甲亢和甲减可交替出现，最终造成甲减，治疗的时间延长。其中腺体被破坏严重的部分桥本氏甲减患者无法根治，需要长期使用药物进行替代治疗。

桥本甲状腺炎是病毒和炎症引起的自身免疫相关性疾病。疾病早期病毒和炎症对甲状腺腺体破坏较轻，有时可自愈。如桥本氏病反复发作，即使病情不重，但是甲状腺腺体被永久破坏或者反复破坏，当被破坏的甲状腺腺体达到一定程度后，有可能出现永久性的甲状腺功能减退。