结核性脑膜炎在中枢神经系统的感染中，治疗难度较大，最终死亡率高达55％-75%。抗结核治疗过程中，药物会产生耐药性，而且结核属于药物联合治疗，结核性脑膜炎并发症也较多，常见并发症如脑积水、低钠血症，及视交叉位置也会出现相应改变。

若HIV感染患者合并此疾病时，治疗难度更大，因为抵抗力低。结核性脑膜炎相较其他中枢神经系统感染来说，其致死率较高，治疗难度较大。因此早期应给予足量、足疗程的抗痨治疗，才能够更好地改善患者预后。