小儿自闭症的发病原因目前并未研究透彻，大多数学者认为自闭症主要为遗传因素和环境因素共同作用产生，且遗传因素为主要原因。具体如下：

1、遗传因素：孩子因为遗传因素出现自闭症的占比可达80%-90%以上；

2、大脑结构异常或功能异常：部分孩子大脑结构存在异常或者存在功能异常，比如部分自闭症孩子可能存在小脑发育不良、胼胝体过小，或者其他脑干发育异常，都可导致孩子出现自闭症；

3、妊娠期异常因素：小儿自闭症的发生，还与母亲妊娠期间的异常因素有一定关系。比如母亲如果为高龄孕妇妊娠，或者父亲年龄较大。或者母亲在妊娠期间接触到特殊的病毒、药物，以及长时间处于放射性物质的环境下，都会导致孩子发生自闭症的几率比其他儿童明显增高；

4、后天环境因素：后天的环境因素也可以诱发孩子出现自闭症的可能。比如孩子在后天发育的过程中，家长未能及时在孩子身边进行陪伴，长时间让孩子独处，无法及时跟孩子沟通交流，也是诱发孩子自闭症的因素。