肝脓肿最常见的病因是细菌感染引起的，因为肝脏内有多种通道，包含了胆管与肠道相通，还有肝动脉、门静脉，可以通过这些管道途径细菌进入肝脏，从而引起肝脏的化脓性病变。

常见的胆道因素，如胆管结石、胆道蛔虫等因素，会导致细菌逆行性感染，进入肝脏从而形成肝脓肿。此外其他部位的感染性的病灶，如化脓性的骨髓炎、中耳炎等。也有可能会经过血管肝动脉的途径进入肝脏，从而引起相应的细菌性化脓性病变。

此外一些门静脉系统的分支，比如坏疽性的阑尾炎、痔核的感染，也有可能会通过细菌门静脉的系统进入肝脏，从而导致肝脏的化脓性病变。另外也可以见于一些外伤，导致外伤将细菌直接带入肝脏，从而形成相应的细菌性的肝脓肿。

也有隐匿性的肝脓肿，常常是与糖尿病的相关。主要是肝内已经存在了隐匿性的感染，等到机体免疫力下降时，隐匿性的感染爆发，从而形成肝内的脓肿，主要是与糖尿病的患者免疫力比较低下相关。另外还有一些叫做阿米巴性肝脓肿，主要是与阿米巴肠炎相关。