染色体异常引起的复发性流产有胚胎的染色体异常，如整倍体的异常、非整倍体的异常，常见的是唐氏综合征，即21-三体，其它的还有18-三体、13-三体，这是非整倍体的异常。还有单体型的异常多倍体型、嵌合体，这种染色体的异常是数目的异常。
胚胎染色体的异常还有结构性的异常，如染色体的异位、平衡易位、罗氏易位等，还有倒位、臂内倒位、臂间倒位、微缺失、微重复等，无论是染色体的结构异常还是数目异常，对胚胎来说最终的结局都是导致胎停育，这种病人可能会出现复发性流产。
这种异常理论上是可以试孕的，其有一定几率可以通过自然受孕获得自己的宝宝，但是同样也面临再次胎停育的风险。如果反复的发生多次胎停育，且又查到父母染色体确实存在异常，建议患者去做第三代的试管婴儿，进行产前的检查、植入前的诊断，若是好的胚胎，就可以把其移植到子宫内，叫第三代的试管婴儿，虽然费用高，但是可以避免染色体异常导致的复发性流产。
染色体异常之外的原因引起的复发性流产，做试管婴儿不能避免再次胎停育，所以第三代的试管婴儿确实能够挽救染色体异常导致的复发性流产。