根除幽门螺杆菌可以选用三联疗法或者四联疗法，属于目前用的比较多的方法，也有些选择序贯疗法。以四联疗法为例，选择两种抗生素，一线用药是青霉素类，有阿莫西林分散片或者阿莫西林克拉维酸钾片。另外一种抗生素可以选择喹诺酮类，如利复星，还可以选硝基咪唑类，即甲硝唑或者替硝唑，也可以选择呋喃唑酮、克拉霉素等。如果青霉素过敏，除阿莫西林类，另外两种药物任意两种搭配即可。第三种药物则是胶体果胶铋剂，第四种药物是质子泵抑制剂。
治疗一定要规范、规律用药，而不能够断断续续使用。用药以后停药一个月再复查呼气试验，不可停药过长时间或者过早复查。因为胃里头的幽门螺杆菌会受抗生素、质子泵抑制剂影响，所以需要停药一个月。如果停药过长时间，再次复查出现阳性也不能够确定上次治疗是否根除，因为人体对幽门螺杆菌没有抗体，根除以后还可以再次被感染。
