脱敏治疗以后，过敏原结果大多数时候并不会转阴，但过敏症状可以消失，而且这种疗效可以持续很长时间。过敏性疾病的治疗和管理分为几大块，最重要的一部分对因治疗即脱敏治疗，是针对所过敏的物质逐渐小剂量的注射，反复接触，逐渐产生免疫耐受，这种治疗是过敏科所特有的一种治疗方法。脱敏治疗往往的时间比较长，需要持续3-5年的时间，但也带来很多的益处，比如脱敏治疗以后，可以阻止疾病进程，阻止鼻炎进展为哮喘，阻止疾病进一步加重，甚至当停止脱敏治疗之后，这种效果还可以持续，这也使得脱敏治疗成为过敏性疾病唯一对因根治的治疗办法。
但是脱敏治疗之后，患者的症状可以明显的改善，因为阻断过敏原，可以没有鼻炎、哮喘症状，也可以没有皮肤过敏的症状。但是过敏原检测结果可能会一直持续阳性状态，这种阳性是由于皮肤反应或者血清里的免疫细胞的反应所导致，这种反应因为是由于免疫记忆的存在。过敏原阳性这时候不代表患者的疾病没有好，免疫耐受之后患者的疗效以症状来判断。脱敏治疗也有生物标记物可以提示脱敏治疗有没有效果，这些标志物比如血清里的细胞因子，或者细胞的状态改变，但这些目前在临床上还没有投入使用，往往都是在科研阶段。所以判断脱敏治疗是不是有效的时候要咨询医生，根据主观症状和所用的药物的减少判断。而不应该根据过敏原检查的结果。