胃肠间质瘤危险度分成四级，包括极低危险度、低危、中危和高危险度。现在临床常沿用的就是根据肿瘤大小、部位以及免疫组化检查的核分裂数，以及肿瘤是否破裂分成四级。

虽然分级采用这个标准，但是临床使用过程中有一定缺陷。通常患者会问什么是极低危、中危、高危，它们有什么影响，实际上示提示复发风险的分级。极低危险度复发可能性比较小，而高危险度复发的可能性非常大，因此整个临床分级跟胃肠间质瘤的治疗相关。