多数骶管囊肿不需要手术治疗，骶管囊肿和蛛网膜囊肿相同，均为一种单纯在颅腔里或者椎管腔里形成的结构，属于先天性疾病，为惰性的变异结构，不需要手术干预，因为它对周围神经、马尾神经，中枢、椎体结构不会产生明显破坏。

患者发现疾病以后随访即可，3-5年拍一次腰椎磁共振来观察骶管囊肿的变化和发展。多数患者疾病终身不会发展，因此骶管囊肿无需过分手术干预。如果骶管囊肿为先天性畸胎瘤、脊膜膨出等原因导致，为继发的骶管囊肿，可以进行手术干预。